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介紹免疫沉淀CHIP的三個實驗步驟
點擊次數(shù):1083 更新時間:2021-10-23
  在生理狀態(tài)下把細胞內(nèi)的DNA與蛋白質(zhì)交聯(lián)在一起,通過超聲或酶處理將染色質(zhì)切為小片段后,利用抗原抗體的特異性識別反應(yīng),將與目的蛋白相結(jié)合的DNA片段沉淀下來,以富集存在組蛋白修飾或者轉(zhuǎn)錄調(diào)控的DNA片段,再通過多種下游檢測技術(shù)(定量PCR、基因芯片、測序等)來檢測此富集片段的DNA序列。(檢測相關(guān)技術(shù)服務(wù):Real-timePCR技術(shù)服務(wù)、基因芯片及結(jié)果驗證服服務(wù)、高通量測序及結(jié)果驗證服務(wù))
  免疫沉淀CHIP技術(shù)實驗步驟
  染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)包括3個獨立的步驟,即固定、沉淀和檢測。
  1、固定
  甲醛能有效的使蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì),蛋白質(zhì)-DNA,蛋白質(zhì)-RNA交聯(lián),形成生物復(fù)合體,防止細胞內(nèi)組分的重新分布。首先在體內(nèi)用甲醛固定DNA和蛋白質(zhì)復(fù)合物,需要注意甲醇的交聯(lián)時間,如果過長,細胞染色質(zhì)難以用超聲波破碎,影響ChIP結(jié)果,而且實驗材料也容易在離心過程中丟失;交聯(lián)時間如果過短,則交聯(lián)不*,產(chǎn)生假陰性。交聯(lián)反應(yīng)可加入甘氨酸終止。然后用化學(xué)(微球菌酶)或者機械(超聲波)的手段將其隨機切成一定長度的染色質(zhì)小片段(200~1000bp)。
  2、免疫沉淀
  利用目的蛋白質(zhì)或者目的蛋白質(zhì)上標簽的特異性抗體,通過抗原和抗體反應(yīng)形成DNA-蛋白質(zhì)-抗體復(fù)合體,然后沉淀此復(fù)合體,特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段。
  3、目的片段的純化與檢測
  經(jīng)過熱處理及交聯(lián),釋放共沉淀的DNA;再將DNA片段純化后,對沉淀的DNA樣品進行檢測。目前檢測方法主要有3種:第1種是比較沉淀的模版與陰性和陽性對照PCR信號強度的普通PCR實驗,或者相對精確的定量PCR方法。第2種是將沉淀的DNA與DNA微陣列芯片雜交(ChIP-on-ChIP),以檢測多基因軌跡全部的相互作用。第3種是高通量DNA測序分析。

滬公網(wǎng)安備 31011802001676號

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