染色質(zhì)免疫沉淀的DNA適用于多種分析方法
點(diǎn)擊次數(shù):495 更新時(shí)間:2022-07-22
染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)的原理是:在生理狀態(tài)下把細(xì)胞內(nèi)的DNA與蛋白質(zhì)交聯(lián)在一起,通過(guò)超聲或酶處理將染色質(zhì)切為小片段后,利用抗原抗體的特異性識(shí)別反應(yīng),將與目的蛋白相結(jié)合的DNA片段沉淀下來(lái)。染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)一般包括細(xì)胞固定,染色質(zhì)斷裂,染色質(zhì)免疫沉淀,交聯(lián)反應(yīng)的逆轉(zhuǎn),DNA的純化,以及DNA的鑒定。因?yàn)镃hIP實(shí)驗(yàn)涉及的步驟多,結(jié)果的重復(fù)性較低,所以對(duì)ChIP實(shí)驗(yàn)過(guò)程的每一步都應(yīng)設(shè)計(jì)相應(yīng)的對(duì)照,而且對(duì)結(jié)果的分析也需要有一定的經(jīng)驗(yàn)。
染色質(zhì)免疫沉淀的DNA適用于多種分析方法。如果目的蛋白的靶序列是已知的或需要驗(yàn)證的,可采用狹縫雜交(Slotblot)的方法,把靶序列特異性探針與染色質(zhì)免疫沉淀的DNA雜交,來(lái)驗(yàn)證目的蛋白與DNA靶序列的特異性結(jié)合。還可以根據(jù)靶序列設(shè)計(jì)引物,用半定量PCR的方法進(jìn)行測(cè)定,或采用Real-timePCR方法進(jìn)行定量分析。如果目的蛋白的靶序列是未知的或高通量的(high-throughput),可采用Southern雜交。但因?yàn)槊庖叱恋淼腄NA量較少,所以在研究時(shí)通常要用PCR方法擴(kuò)增DNA探針,再進(jìn)行整個(gè)基因組掃描。還可以把沉淀的DNA克隆到載體中,進(jìn)行測(cè)序,尋找該序列附近的開(kāi)放閱讀框,發(fā)現(xiàn)新的基因調(diào)節(jié)序列。